Makise Kurisu'yu kurtaramadıktan sonra yıkılmış olan Okabe Rintaro, sıradan bir hayat yaşamaya karar verir. Yapay zekâ seminerinde görev alırken kısa boylu Hiyajo Maho ile tanışır. Maho, Profesör Alexis Leskinen'e tercümanlık yaparak, bir insanın hafızasını veri olarak muhafaza edip kişiliğini yansıtabilen yapay zekâ Amadeus'u tanıtır. Sunumun ardından, Maho ve Leskinen'in Kurisu'nun üniversiteden meslektaşları olduğunu öğrenen Okabe, Kurisu'nun belirli bir dönemine ait hafızaya sahip olan Amadeus ile iletişim kurma fırsatı bulur. Bu durum Okabe'yi, zamanın doğal akışını bozmanın korkunç sonuçlarına karşı harekete geçmek zorunda bırakır.
