Ben, Gwen ve Kevin, Vilgax'ı yendikten sonra Ben, gündelik tesisatçı işine geri döner. Ancak Jimmy adında bir çocuk, Ben'in uzaylılara dönüştüğü resim ve videoları internete yayınlar. Bunun sonucunda tüm dünya, Ben'in bir kahraman olduğunu öğrenir. Ardından Agreggor adında bir Osmosian, Ben'i yok etmek için gelir.
Ben 16 yaşındadır ve Omnitrix yerine Ultimatrix kullanmaktadır. Bu yeni DNA silahı sayesinde hem yeni uzaylılara hem de eski uzaylılarına dönüşebilmektedir. Ayrıca Ultimatrix, tesisatçı rozetleri ile iletişim aracı olarak da kullanılabilir.
