Hikâye, Magneto'nun plastik bir hücreye hapsedilmesinin ardından birkaç ay sonrasında başlar. X-Men ekibi, mutantlar ve insanlar arasındaki barışı sağlamak için Profesör Charles Xavier'ın liderliğinde bir arada yaşamayı denemektedir. Ancak Beyaz Saray'a yapılan bir suikast girişimi dünyayı sarsar. Bu girişimi mutant Nightcrawler gerçekleştirir ve olay, mutantlara yönelik düşmanlığı artırarak hükümetin mutant karşıtı önlemlerini hızlandırır. Bu süreçte Wolverine, kendi geçmişini ve kim olduğunu keşfetmeye karar verir. Aynı zamanda bilim adamı William Stryker, Profesör X'in gizli okulunu keşfeder.
